O game traz várias novidades. As principais delas serão a luta com até 4 jogadores e a possibilidade de transformar seu personagem apenas pressionando o botão "L", inclusive durante os combos. O direito de escolher outro personagem para ajudar na luta retorna, mas o auxiliar entra como personagem regular, ou seja, permanece lutando até vencer ou for derrotado. Ougis(especiais) e novos jutsus duplos (em dupla com o outro personagem que você for escolher) foram adicionados ou refeitos. Os "jutsus de vídeo", jutsus que, quando acertados, iniciam uma pequena animação foram reirados do game. Novos gráficos tambem foram bastante melhorados, apresentando uma ótima visão do jogo. O jogo tambem apresenta novos personagens da saga shippuuden, como os novos integrantes da Akatsuki: Hidan, Kakuzu ,Pain e Konan ,Tobi ; e a equipe Taka: Juugo, Suigetsu e Karin, criada por Sasuke. Outra inovação será que Naruto, a partir de certa parte do game poderá usar o Fuuton: Rasenshuriken.